Druhú fázu programu, nazvanú Aplikácia inovatívnych prístupov vo vyučovaní, tvorí ročný program zavádzania inovácií do vyučovacej praxe. Inovácie sú založené na poznatkoch a kompetenciách získaných počas letnej školy. V tejto fáze, ktorá trvá dva semestre, sa od účastníkov očakáva úzka spolupráca s vybraným koučom spomedzi lektorov letnej školy. Tá sa  uskutočňuje prostredníctvom e-mailu a internetu (skype atď.), prípadne učiteľ a kouč sa stretnú aj osobne. Učitelia informujú o výsledkoch zavádzania inovácií počas workshopu, ktorý sa koná po skončení prvého semestra. Vyhodnotenie následne spracujú aj písomne v správe o inovácii a nad princípmi vlastného vyučovania sa zamysla v prepracovanom dokumente vlastnej filozofie vyučovania. Výsledky prezentované na workshope, v správe a vo filozofiii vyučovania tvoria východisko pre vyhodnotenie kompetencií, ktoré učitelia získali po absolvovaní programu. Z najlepších správ účastníkov ročného programu 2011/2012 pripravujeme zborník. V súčasnosti práve prebieha nový ročník podporného programu. Popis programu možno nájsť tu.

V súčasnosti dokončujeme vyhodnotenie vplyvu programu na zúčastnených učiteľov a ich študentov. Vplyv na študentov zobrazuje táto tabuľka.